いろいろな方法がありますが、
総合的に考えて一番いいと思ったのがこれです。
DD_belatedPNG: Medicine for your IE6/PNG headache!
ダウンロードして、head内に、
<!--[if IE 6]>
<script src="../js/DD_belatedPNG.js"></script>
<script>
DD_belatedPNG.fix('img, .png_bg');
</script>
<![endif]-->
と記述するだけ！
これでHTMLに記述したpngは見事、透過されました！
背景指定のPNGの場合、class=”png_bg” を追加するだけです。
ただ、それでもバグは起こります。
ie6でボックスの間に縦方向のすき間ができてしまう | 映像・3DCG・ホームページ制作・チラシ、ポスター印刷・デザイン全般 | studio tempo official blog
実際、cssで背景指定しているものは透過はされるものの、隙間が上記のようにしても解消できず、断念しました。
(幸いjpgにしてもよ〜くみないとわからないレベルなので良しとしました。)